مأموریت سازمان بسیج دانش آموزی بعنوان ستاد مرکزی امور مربوط به بسیج در مدارس کشور، در نیروی مقاومت بسیج بشرح زیر تعیین شده است:
« برنامه ریزی، نظارت و هدایت امور جذب و سازماندهی ، آموزش های نظامی و آمادگی دفاعی، تربیت بدنی، فرهنگی – پرورشی، تقویت بنیه علمی، فعالیت های گروهی و بکارگیری اعضای بسیج دانش آموزی»
این سازمان در راستای انجام مأموریت فوق وظایف ذیل را بعهده دارد:
وظایف سازمان بسیج دانش آموزی
?- آشنا نمودن دانش آموزان کشور با بسیج و ترویج فرهنگ و تفکر بسیج در بین آنان.
?- جذب وسازماندهی دانش آموزان بسیجی.
?- ارائه آموزش های نظامی، سازمانی و تخصصی اعضای بسیج دانش آموزی
?- ایجاد و تقویت روحیه همیاری، مسئولیت پذیری و دفاع همه جانبه از انقلاب اسلامی در دانش آموزان.
?- بکارگیری اعضای بسیج دانش آموزی در رزمایشها، اردوهای رزمی- فرهنگی و عرصه های دفاعی و امنیتی، سازندگی، امدادی، فرهنگی، حوادث غیر مترقبه و بلایای طبیعی
?- تقویت سطح فرهنگی دانش آموزان بسیجی و ترویج روحیه انقلابی در آنان
?- تقویت بنیه علمی، بهبود وضعیت تحصیلی و تشویق دانش آموزان ممتاز بسیجی در عرصه های علمی، فرهنگی، هنری و ورزشی
?- الگو سازی برای نوجوانان و دانش آموزان کشور.
?- ایجاد و تقویت ارتباط اعضای بسیج دانش آموزی با پایگاههای مقاومت محلی و دانشجویی.
